Перед розтином детально збирають анамнез. З’ясовують, в яких умовах утримувалась черепаха, які корми споживала, коли виникло захворювання, які були клінічні ознаки. Також об’єктивно оцінюють проведене лікування та можливість завданої ним тварині шкоди.

Під час зовнішнього огляду черепах досліджують панцир, шкіру, природні отвори. Слід зазначити, що ніздрі у черепах розміщені на передньому загостреному кінці морди. Ротовий отвір має вигляд вузької щілини, яка досить широка і доходить до задньої частини голови. Ніздрі та слизова рота не повинні містити сторонніх нашарувань та відкладень. Міхурці піни на слизовій рота і носа можуть свідчити про розвиток ринітів, синуситів, бронхопневмоній та набряку легень, які слід виявити при подальшому дослідженні цих органів. Зуби у черепах відсутні і замінені гострим ріжучим краєм рогових чохлів.

Оглядають слизову оболонку клоаки. Відзначають наявність, консистенцію, колір та запах калових мас і сечі. При необхідності в клоаку вставляють тампон, відбираючи проби калу для бактеріологічного дослідження (наприклад, для виключення сальмонельозу, який досить часто трапляється у черепах і є дуже небезпечним для людей).  
Шкіра та опорно-руховий апарат. Під час дослідження шкіри особливу увагу звертають на наявність ектопаразитів (особливо кліщів). За умов потемніння, почервоніння, огрубіння шкіри необхідно відібрати проби для бактеріологічного та мікологічного дослідження. Кігті повинні бути однакової товщини, а на дзьобі не повинно бути значних рогових наростів.
Проникненню у шкіру бактерій, вірусів, грибків сприяє пошкодження шкіри (опіки, укуси, травми). Наприклад, при потраплянні грибків у шкірі можуть утворитись гранульоми, а при укусах інших тварин у водяних черепах розвивається виразковий дерматит. Унаслідок потрапляння в ушкоджену шкіру стафілококів та стрептококів, Echerichia freundi розвиваються запальні та некротичні процеси з утворенням виразок. У першу чергу уражається шкіра голови, кінцівок, а далі запально-некротичний процес поширюється на пластинки карапаксу і пластрона. Деякі автори таку хворобу називають некробактеріозом. Проте при бактеріологічному дослідженні у черепах, з ознаками виразкового дерматиту, не вдалось виділити Fusobacterium necrophorum. Паракератоз (зміна фізико-хімічних властивостей) рогової речовини шкіри у черепах виникає за умов незадовільного утримання, передозування вітаміну D. Епідерміс при цьому стає рихлим, некротизується і починає відокремлюватись. Процес починається на шиї або в ділянці клоаки, а далі поширюється на інші ділянки шкіри. На шкірі кінцівок черепах можуть з’являтись білі нашарування. Таке ураження поступово поширюється від нігтьового ложа, супроводжується вираженими некротичними змінами. Кігті відмирають і відділяються. Кістки пальців також зазнають виражених деструктивних змін. Можливе відпадання дзьоба. Протягом 2-3 тижнів від початку розвитку хвороби тварини гинуть. Причина даної хвороби невідома.

Механічні пошкодження панцира призводять до виникнення на його поверхні некротичних вогнищ. Це сприяє проникненню в організм бактерій (Echerichia freundi, Bacillus chitinovorus та інших), унаслідок дії яких відбувається відділення рогових щитків та часткова втрата останніх. Некротичні процеси можуть поширюватись на глибше розміщені тканини (особливо кістки).

Досить часто унаслідок неправильного утримання (наприклад, недостатньому ультрафіолетовому опроміненні), недостатності білків, вітамінів (особливо вітамінів А та D) проходить порушення обміну речовин, в результаті чого може розвинутись рахіт, остеопороз, фіброзна остеодистрофія. Остеопороз найчастіше розвивається за недостатності білків (при годівлі переважно фруктами) і характеризується розм’якшенням і деформацією кісток. 
Основною причиною фіброзної остеодистрофії є недостатність кальцію за умов годівлі лише м’ясними продуктами або неправильне співвідношення Са та Р. Оптимальним є раціон, при якому в кормах співвідношення Са : Р становить 2:1,2. Порушення даного співвідношення в організмі може спричинити надмірна активність паращитоподібних залоз. Ураження нирок також може призвести до гіпокальцемії з вторинним гіперпаратиреозом. Уражені кістки, за умов фіброзної остеодистрофії, стають м’якими, довшими, деформуються, виникають спонтанні переломи. Можливе часткове розсмоктування кісткової тканини. Пластини панцира стають товстіші і м’які, відбувається розм’якшення та деформація останнього, наприклад, за гіповітамінозів у молодняку. Рогові щитки, у дорослих тварин, повинні міцно прикріплюватись до кісткової основи. За травм та деяких хвороб при детальному зовнішньому огляді можна виявити крововиливи, некротичні зміни панцира. Наприклад, у термінальних стадіях гіповітамінозу D резерв кальцію в кістковій тканині закінчується і розвивається гостра гіпокальцемія. Це призводить до серйозних системних порушень: знижується згортання крові, підвищується порозність судин, що призводить до дифузних кровотеч з рота, клоаки та під щитки пластрона.

Огляд внутрішніх органів черепахи проводять після розпилювання або розчленування і відділення пластрону (рис. 15). Для цього черепаху кладуть у спинне положення і фіксують (рис. 16).

Рис. 15. Червоновуха прісноводна черепаха  (Trachemys scripta elegans) у спинному положенні.	Рис. 16. Розпилювання з’єднання між пластроном  і карапаксом у червоновухої прісноводної черепахи  (Trachemys scripta elegans)

Для кращої фіксації можна використовувати спеціальні подушки, заповнені піском. Кісткові перемички між пластроном і карапкасом з кожної сторони розсікають за допомогою ортопедичного бура, звичайної пили або долота (рис. 17).

Рис. 17. Розсікання кісткових перемичок червоновухої прісноводної черепахи (Trachemys scripta elegans).

У видів черепах, які не мають кісткових перемичок, розсікають зв’язки, які з’єднують платрон і карапакс. За допомогою маятникової або алмазної пили також можна розпилювати пластрон, приблизно по його серединній лінії, відділяючи спочатку одну його частину, а потім іншу. Розпил необхідно проводити обережно, щоб не пошкодити черевні вени, які щільно прилягають до черевного щита. Внутрішні органи під час розпилювання пошкоджуються рідко, оскільки вони анатомічно добре відмежовані від черевного щита. Відтягнувши передню частину пластрону на себе, секційним ножем підрізають шкіру в місці з’єднання з пластроном. Сполучну тканину та м’язи, що прикріплені до пластрону, краще відділяти за допомогою распатора. Серозну оболонку починають розтинати ножицями між двома черевними венами, які є досить великими. Після цього оглядають органи грудо-черевної порожнини (рис. 18).

Рис. 18. Розміщення органів грудо-черевної порожнини червоновухої прісноводної черепахи (Trachemys scripta elegans). Печінка (a), серце (b), яйцеклітини (c).

Повністю видаляють органокомплекс, зберігаючм анатомо-фізіологічні взаємозв’язки. Детально досліджують ротову порожнину, язик, м’яке піднебіння, глотку та стравохід. Шлунок та кишечник досліджують у кінці розтину, щоб не забруднювати секційний стіл та інші органи їх вмістом.
Після дослідження ніздрів, носової порожнини та хоан розтинають гортань і трахею. Слід зазначити, що запальні процеси в органах дихання у черепах мають досить важкий перебіг і в 30% випадків закінчуються загибеллю тварини. Риніти можуть розвиватись як наслідок синуситів і досить часто супроводжуються кон’юнктивітами. Слід зазначити, що хоани (внутрішні ніздрі) відкриваються безпосередньо в ротову порожнину. Інколи кормові маси можуть потрапляти з стравоходу і ротової порожнини у носову порожнину і спричинити запалення останньої. Обструктивний риніт також може розвинутись унаслідок виразкового стоматиту. За таких умов мікроорганізми, які спричиняють запалення слизової оболонки ротової порожнини (наприклад, грампозитивні коки, іридовіруси) потрапляють у носову порожнину, спричиняючи запалення слизової останньої та закупорку ніздрів ексудатом. За умов розвитку хронічних запальних процесів (однією з причин яких можуть бути пастерели, мікоплазми) на слизовій носа, окрім ознак запалення, виявляють виражені некротичні зміни з утворенням виразок.
Легені у черепах займають майже всю дорзальну частину порожнини тіла, дорзальною стінкою приростаючи до карапаксу. Передній кінець легень доходить до плечового поясу, задній – простягається до тазової ділянки. Тканина легень губчаста, пронизана множинними отворами. Каудальна частина легень має форму мішкоподібного виросту. Досить часто у черепах розвиваються пневмонії, причиною яких є бактерії, віруси, гельмінти, грибки, які інтенсивно розмножуються за неправильних умов утримання (низька температура, протяги, зниженні резистентності). Досить небезпечні є пневмонії спричинені Mycobacterium chelone та Mycobacterium marinum, що спричиняють гранулематозне запалення не лише в черепах, а і людей.
Далі досліджують органи серцево-судинної системи. Серце у черепах трьохкамерне. Шлуночок світло-червоного кольору, передсердя забарвлені темніше. Захворювання серця і судин у черепах трапляється рідко. Після розтину серцевої сорочки визначають її вміст, детально оглядають пери- та епікард, встановлюють наявність нашарувань (можливі при запаленнях, вісцеральній подагрі). Розтинають міокард, визначають його консистенцію, колір. Детально оглядають ендокард серця та інтиму великих судин. Особливу увагу звертають на наявність тромбів, які можуть бути спричинені Vibrio damsela, що дуже часто паразитує в організмі риб та членистоногих (наприклад рачків). Серйозні порушення кровообігу можливі за умов переохолодження або перегріву вольєру чи води у басейні.
Селезінка лежить в брижі між петлями кишечника і прилягає до заднього кінця підшлункової залози. Колір темно-червоний, форма – кулеподібна. Під час дослідження визначають її величину, колір, консистенцію, наявність зскрібка пульпи (шляхом проведення по розрізаній селезінці тупою стороною ножа).
Органи сечовиділення розміщені досить компактно, поруч з органами статевої системи. Для того, щоб роздивитись нирки, необхідно розвести в сторони дві половини тазового поясу. Нирки, які мають неправильну овальну форму і слабо поділені на дольки, лежать попереду клоаки, по обидва боки від серединної лінії. Сечоводи – відносно товсті трубки, які тягнуться по вентральній стороні нирок і відкриваються в клоаку. Сечовий міхур – досить великий тонкостінний орган, що розміщений вентральніше та попереду клоаки. У своїй передній розширеній частині сечовий міхур поділений на дві лопасті. Задній звужений кінець сечового міхура відкривається у передній відділ клоаки. Безпосереднього зв’язку з сечоводами сечовий міхур немає.
При дослідженні нирок визначають величину, колір, наявність нашарувань і крововиливів, консистенцію органів. Звертають увагу на можливість закупорки сечоводів. Серед хвороб нирок найчастіше трапляються нефрити, наслідком яких є розвиток набряків кінцівок і шиї. Набряк шиї призводить до утворення потовщеного “комірця” при втягуванні шиї. Захворювання нирок найчастіше виникають унаслідок дії бактерій, вірусів, паразитів (напр. Hexamita parva), порушення обміну речовин (при вісцеральній подагрі).
Детально досліджують сечовий міхур, у якому окрім запальних процесів, можна виявити камені. Описаний камінь, який видалили з сечового міхура черепахи масою 206 г, що був побудований з уратів кальцію та магнію.

Рис.19. Яйцеклітини червоновухої прісноводної черепахи (Trachemys scripta elegans)

Статеві органи. Яєчники розміщені латеральніше та вентральніше нирок. Залежно від пори року яєчники можуть містити яйцеклітини різного розміру та зрілості (рис. 19).

Яйцеводи (мюлерові канали) досить товстостінні трубки. Їх передні кінці розміщені майже на рівні серця, відкриваються в порожнину тіла широкими лійками. Задні кінці яйцепроводів відкриваються в передній відділ клоаки. Позаду отворів яйцепроводів видно потовщення вентральної стінки клоаки – клітор. Детально досліджують яйцепровід самок, оскільки у черепах досить часто спостерігається затримка яєць. Ця хвороба виникає при недостатності кальцію та вітамінів групи D, незадовільних умовах утримання (низька температура, погана підстилка), травмах, запаленнях яйцепроводу тощо. За таких умов яйця прилипають до запаленої слизової оболонки яйцепроводу та матки. При довготривалій закупорці спостерігається руйнування яєць, розвивається розлите запалення стінки яйцепроводу і оточуючих тканин, з вираженою інтоксикацією, що може призвести до загибелі тварини.
Сім’яники невеликі, округлі, жовтого кольору, прилягають до вентральної поверхні нирок. Правий сім’яник лежить краніальніше від лівого. До дорзальної стінки тіла сім’яники підвішені короткою брижею. Від придатка сім’яника відходить сім’япровід, що відкривається в предню частину клоаки. Статевий член представлений двома повздовжніми валиками, що містять кавернозні тіла. Між валиками є жолобок, по якому тече сперма. Каудальний кінець статевого члена розширюється у головку.
Сім’яники у самців уражаються рідше, в порівнянні з яєчниками самок, При розтині досліджують величину, колір, консистенцію сім’яників. Досить часто трапляється патологія статевого члена у самців, зокрема випадіння пеніса. Статевий член при цьому висовується з клоаки, що нерідко призводить до парафімозу. Статевий член при цьому набрякає, важко вправляється, його можуть відкусити інші черепахи під час плавання у басейні.
Золози внутрішньої секреції: щитовидна залоза у черепах непарна, овальної форми, світло забарвлена, зерниста, прилягає до основи безіменних артерій. Найчастіше спостерігається ураження щитоподібної залози, що характеризується різким збільшенням останньої (зоб). Цей процес виникає унаслідок недостатності в раціоні йоду або надлишку рослинних кормів (капусти, шпинату), які містять надмірну кількість нітратів.
Органи чуття: повіки не повинні бути склеєні і набряклі, що можливе при виникненні гіповітамінозу А, для якого також характерними є метаплазія епітелію кон’юнктиви та рогівки, з вираженою сухістю. При ускладненні стафілококами і стрептококами розвивається запалення, з’являється значна кількість ексудату, повіки склеюються. При тяжкому перебігу процесу розвивається панофтальміт. Інколи у черепах розвивається катаракта (помутніння кришталика).
При захворюванні вух у черепах трапляється запалення зовнішнього (тимпаніт) або середнього вуха (отит). Проникнення значної кількості бактерій може призвести до утворення абсцесів.
Після розтину черепа та хребетного стовпа досліджують головний та спинний мозок.
Під час дослідження органів травлення детально оглядають ротову порожнину. Визначають стан рамфотек, правильність прикусу, стан язика та слизової оболонки ротової порожнини. Задня частина ротовою порожнини переходить у глотку та стравохід, що тягнеться по вентральній стороні шиї у вигляді широкої блідо-рожевої стрічки. Надалі розтинають глотку та стравохід і оглядають їх. Слід зазначити, що у місці переходу шлунка в дванадцятипалу кишку розміщений сфінктер, що має форму кільцеподібного валика. Дванадцятипала кишка простягається впоперек порожнини тіла і прикрита заднім краєм правої долі печінки (рис. 20).

Рис. 20. Печінка (a), тонкий кишечник (b), яєчник (d) та  яйцеклітини (c) червоновухої прісноводної черепахи       (Trachemys scripta elegans).

До переднього краю дванадцятипалої кишки прилягає світло-жовтого кольору підшлункова залоза. Протоки підшлункової залози, зазвичай їх три, самостійно відкриваються у дванадцятипалу кишку. Товстий кишечник має значний діаметр. Сліпа кишка наявна, пряма кишка відкривається в клоаку. Печінку, підшлункову залозу, шлунок, кишечник та клоаку досліджують у кінці розтину. Печінка у черепах велика, темно-коричневого кольору, займає усю передню частину порожнини тіла. Вона чітко розділена на праву і ліву долі, які з’єднані вузькою перемичкою. Жовчний міхур майже повністю занурений у праву долю печінки. Жовч у більшості черепах зеленого кольору. Жовчний протік відходить від медіокаудального звуженого кінця жовчного міхура, проходить у брижі поряд з правою ворітною веною і впадає у дванадцятипалу кишку. Печінковий проток бере початок у лівій долі печінки, проходить по каудальній поверхні органу, між двома долями печінки віддає гілку, яка самостійно впадає в дванадцятипалу кишку та впадає у жовчний міхур. При дослідженні печінки звертають увагу на величину, колір, консистенцію. У черепах досить часто спостерігаються гепатити (розвиваються унаслідок дії бактерій, вірусів, грибків, паразитів) та гепатози. Останні виникають унаслідок неправильної годівлі – наприклад жировий гепатоз, інтоксикаціях екзогенного (досить часто спостерігається отруєння пестицидами) та ендогенного (наприклад, за сечокислого діатезу) генезу.
Шлунок та кишечник оглядають з боку серозної оболонки, далі розрізають та оглядають слизову оболонку (описують її колір, гладкість поверхні, наявність нашарувань, пошкоджень тощо). У черепах досить часто трапляються хронічні виразкові гастрити, спричинені мікроскопічними грибами. Ентероколіти виникають унаслідок неправильної годівлі, дії бактерій, вірусів, паразитів і при житті супроводжуються вираженою діареєю та зневодненням.
Унаслідок неправильної годівлі, потрапляння в шлунково-кишковий тракт сторонніх предметів (піску, силікону, який використовується для ущільнення скла в басейнах), надмірної кількості паразитів у черепах може виникнути копростаз. Застій вмістимого у товстому відділі кишечника може призвести до випадіння прямої кишки і клоаки, які досліджують у кінці розтину. Звертають увагу на стан слизової оболонки, колір та консистенцію калу (у передньому відділі – копродеумі) та сечі (у середньому відділі – уродеумі). Також досліджують анальні міхурі.